由于是知识密集型行业，医疗与其他服务业相比流程要复杂得多。过去，我国的医院管理流程以方便内部管理、节约成本为主要目标，结果使病人就诊很不方便。现在，利用流程再造规划、作业成本分析、图像仿真模型、运营作业、基准分析工具等软件技术，医院已能够分析工作流程以及改变流程对业务的影响，进而进行优化、提高效率和质量......
国务院发展研究中心社会发展研究部副部长葛延风在接受记者采访时曾说：“当前中国的医疗卫生体制改革基本上是不成功的”，看病难、药价虚高、服务态度不好是老百姓反映的突出问题。随着医疗市场的竞争越来越激烈，医院将从以面向内部管理为中心向以病人为中心过渡，提高医疗服务质量成为其核心任务。
由于是知识密集型行业，医疗与其他服务业相比流程要复杂得多。过去，我国的医院管理流程以方便内部管理、节约成本为主要目标，结果使病人就诊很不方便。现在，利用流程再造规划、作业成本分析、图像仿真模型、运营作业、基准分析工具等软件技术，医院已能够分析工作流程以及改变流程对业务的影响，进而进行优化、提高效率和质量。著名调研公司Gartner研究认为，医学界正迎来流程再造的革命。
信息技术推动医学界流程再造革命: 焦点一：门诊流程再造
国内医院的门诊服务一直备受争议，如何通过优化就诊流程来调控门诊高峰，是近来人们较为关注的问题。最近，广东一些地市级医院开始尝试取消门诊挂号，门诊病人在分诊台免费取号就诊，缴纳药费、诊疗费用时再一次性交挂号费；有些医院将门诊挂号分散在分诊台，这样有利于准确分诊，减少病人退号情况；一些医院尝试用电话预约的方式将病人分流到下午或其他时间，避开周一高峰；还有的医院通过推荐专家来分流病人，以缓解热门专家的压力，提高门诊数量。
门诊医生工作站技术突破不多，目前还未见比较好的解决门诊病人描述病历输入的方法。由于国内的人力费用问题，没有出现类似美国那种医生录音、录入员输入的方式，一些医院实现了医生诊间的无纸化、无胶片化。据了解，广东省卫生厅文件已经要求医院对医疗文档进行电子签名加密，对此国内尚存争议。
门诊收费系统已经比较成熟，比较热门的是使用门诊储值就诊卡实现自动收费的问题。据一些医院的经验，如果使用储值卡存储预交金，可以减少门诊收费1/3的工作量，也就是节省病人1/3的缴费时间。但与信用卡使用情况相似，门诊储值就诊卡在全国并未普及，其问题是多方面的：一般储值就诊卡使用IC卡来保证安全性和保密性，但IC卡价格较高，门诊病人接受有难度；确定门诊病人ID必须强制所有病人办卡，而解决门诊预交金收费则不能强制，否则容易引起门诊纠纷。北京市卫生局计划由政府统一发放门诊就诊IC卡，这种方案可以同时解决门诊病人ID和预交金问题；但由于该卡需要收取病人10元钱的押金，并允许病人退卡，卡面上没有病人可视信息，因此一直没有得到很好的推广。
门诊药房后台摆药-前台发药的方案在南方已经十分普及，并被证明是比较理想的流程，但在北方城市的却推广困难，可见北方医院在管理上的差距。近年一些医院开始试用自动摆药机，中草药使用浓缩塑料连续包装。自动摆药机在国外早就广泛使用，影响国内普及的重要因素是性价比、西药大包装和药片规格标准化的问题。由于国内很多药厂只生产铝簿包装的规格，没有大包装，限制了自动摆药机的使用范围，实际使用中需要仔细测算和分析。
信息技术推动医学界流程再造革命: 焦点二：住院流程再造
北京大学医学部马谢民教授的研究课题是“住院流程重组与医院信息化建设。该研究试图通过对病人住院过程中各种诊疗活动、诊疗时间和诊疗费用的标准化分析，帮助医院规范管理，减少诊疗活动中的随意性和差错，在缩短平均住院日和降低病人平均住院费用的同时增加医院的医疗收入。
目前，该课题的流程设计已在北京某三甲医院取得不错的试点效果，平均住院日由18.03天缩短为14.60天（18.89%）；在单病种费用和床位周转率保持不变的情况下，缩短平均住院日的比例就是住院增收费用的比例。如果大型三甲医院年住院总收入为3个亿，则纯增收将近6000万，这就是管理创造效益的成功案例。
在住院流程管理中，病人条形码腕带也是一个很有意义的工作。国外住院病人使用条形码腕带已经比较普及，在对病人进行任何医疗服务前都使用条形码腕带识别病人身份。这是由于国外对于医院的医疗差错、事故处罚很重，医院舍得在病人标识上投资。目前国内主要还是用于病房护士在发药和治疗前确认身份；以及床旁补充录入护理医嘱或收费医嘱等。